然而，伏羲氏的统治并非一帆风顺。在罗奉六年，凤州发生了严重的大洪水。伏羲和女娲组织族人乘葫芦舟逃亡到了秦岭的太白山下。这场洪水给他们的部落带来了巨大的灾难，但也让他们更加团结和坚强。在太白族人的帮助下，他们重建了家园，继续着文明进程。
后来，伏羲和女娲带领部分族人迁居于中原的王屋山，开辟了新的领地。伏羲深知女娲的才能和智慧，于是封她于汝阳，统领中州。在伏羲的晚年，将帝位传给了女娲，她成为了女皇，继续率领着大家走向未来。
女娲即位后，对执政的一些官员进行了部分调整。她封赏了有功之臣，任命了新的官员，使得政权更加稳固。她还命令共工氏等部落首领负责各种政务，推动了社会的发展和进步。
然而，共工氏因处于太行地区且已繁衍壮大，竟以女娲威望不足以能号令天下而不肯听命于女娲，欲自立为帝。女娲怒而命火正祝融氏讨伐共工氏。这是中国远古史上最早的一次大规模群体战争。最终，共工氏失败率部族西奔。传说是共工羞愤有加寻死时把不周山给撞断裂了。共工率部西迁真可谓穷途末路。
伏羲和女娲共同开创华夏文明的辉煌，因此，也被人们视作华夏人民的始祖。
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